Devimon

Szint: Champion
Típus: Virus
Csoport: Gonosz
Támadás: Gonosz érintése
Megjelenés: 8. ep.
Legyőzte: Angemon (13. ep.)
Megfertőzte: Meramon, Andromon, Monzeamon, Unimon, Centarumon, Drimogemon, Mojyamon, Frigimon, Leomon, Orgemon

Jellemzés:
Devimon volt az első igazi ellenség. A File-sziget volt az elfoglalt területe. A Fekete fogaskerekekkel kerítette hatalmába a békés, jó digimonokat. Angemon győzte le az élete árán de később sikerült ujjászületnie egy Digitojásban.

Etemon

Szint: Ultimate
Típus: Virus
Csoport: Báb
Támadás: Sötét háló, Koncert robaj, Majom karom
Megjelenés: 15. ep.
Legyőzte: MetalGreymon (20. ep.)

Jellemzés:
Szerver kontinens volt a telephelye, ahol kiterjesztette a Sötét Hálózatát. MetalGreymon győzi le, de később visszatér mint MetalEtemon.

MetalEtemon

Szint: Mega
Típus: Virus
Csoport: Android
Támadás: Banana Slip, Metal Punch
Megjelenés: 46. ep.
Legyőzte: SaberLeomon (47. ep.)

Jellemzés:
Etemont miután elnyelte egy adatörvény mindenki azt hitte megsemmisült, mégis később visszatért átalakult formájában; MetalEtemonként. Leomon meg akarta védeni tőle Mimit és Joe-t. Ezért átalakult Mega szintre SaberLeomonná és legyőzte MetalEtemont. Ez viszont az életébe kertült SaberLeomonnak is.

Myotismon

Szint: Ultimate
Típus: Virus
Csoport: Gonosz
Támadás: Grisly Wing, Crimson Lightning, Nightmare Claw
Megjelenés: 22. ep.
Legyőzte: Angewomon (37. ep.)

Jellemzés:
Myotismon a Digitális Világból átjutott a valós világba, hogy megtalálja a nyolcadik Digivégzetest. Amikor Myotismon meg akarta ölni Karit, a nyolcadik kiválasztottat Wizardmon megmentette. Így Gatomon át tudott alakulni. A többi digimon átadta neki az erejét, és így le tudta győzni egyetlen Mennyi nyíl támadással.

VenomMyotismon

Szint: Mega
Típus: Virus
Csoport: Gonosz
Támadás: Venom Infusion, Nightmare Claw
Megjelenés: 38. ep.
Legyőzte: MetalGarurumon és WarGreymon

Jellemzés:
Amikor Myotismont legyőzték, nem sokkal azután visszatért átalakulva; VenomMyotismonként. Egy jóslat szerint a két angyal digimonnak, Angemonnak és Angewomonnak át kellet lőnie a mennyei nyilaikat Tai-on és Matten, hogy megtörténjen a csoda. Mivel már más választás nem volt, a gyerekek ezt is kipróbálták mint végső megoldás. Ennek hatására Agumon és Gabumon Mega szintre alakultak és legyőzték a vámpírdigimont.

Sötét Mesterek

Piedmon

Szint: Mega
Típus: Virus
Csoport: Fantom
Támadás: Trump Sword, Clown Trick
Megjelenés: 40. ep.
Legyőzte: MagnaAngemon (52. ep.)

Jellemzés:
Ő volt a Sötét Mesterek főnöke. A Spirál-hegy csúcsán lakik. Képes többféle alakban is megjelenni. A Digivégzeteseket kulcstartóvá alakította át. Patamonnak sikerült átalakulnia Ultimate szintre, MagnaAngemonná és egy Mennyei Kaput nyitott, amibe belökte Piedmont.

MetalSeamon

Szint: Mega
Típus: Data
Csoport: Vizi állat
Támadás: River of Power, Giga Ice Blast
Megjelenés: 40. ep.
Legyőzte: WarGreymon (43. ep.)

Jellemzés:
MetalSeasramon hatásterülete az óceán volt. Shellmont és Scorpiomont szolgaként fogadta fel, hogy végezzen a kiválasztottakkal. WarGreymon tudta legyőzni, mert ő is „Dramon” típusú digimon.

Puppetmon

Szint: Mega
Típus: Virus
Csoport: Báb
Támadás: Puppet Pummel, Wires Choking
Megjelenés: 40. ep.
Legyőzte: MetalGarurumon (47. ep.)

Jellemzés:
Elrabolta T.K.-t, hogy játszanak. Persze Puppetmon a látszat ellenére veszélyes, alattomos digimon, nem lehet megbízni benne. Mattet és Tai-t pedig egymás ellen fordította, hogy felbontsa a csapatot. Ez sikerült is neki. A Digivégzetesek háromfelé váltak. MetalGarurumon legyőzte, de ennek elléne ő is a társával  külön utakon jár jóideig.

Machinedramon

Szint: Mega
Típus: Vírus
Csoport: Gép
Támadás: Giga Cannon, Dragon Fire
Megjelenés: 40. ep.
Legyőzte: WarGreymon (49. ep.)

Jellemzés:
Machinedramon egy kihalt városban élt. Guardromonok és Tankmonok szolgálták. A város egy régi elhagyott gyárában WaruMonzeamon Numemonokat dolgoztatott. Kari szabadította fel őket, és ezután a Numemonok királynőjükként tisztelték. Machinedramont WarGreymon győzte le.

Az Igazi Ellenség

Apocalymon

Szint: Ismeretlen
Típus: Ismeretlen
Csoport: Ismeretlen
Támadás: Sötét zóna, Szint csökkentés, Vírus gránát, Teljes megsemmisítés
Megjelenés: 53. ep.
Legyőzte: WarGreymon, MetalGarurumon, Garudamon, Lillymon, MegaKabuterimon, Zudomon, MagnaAngemon, Angewomon (54. ep.)

Jellemzés:
Apocalymon volt a legvégső ellenség. Erősebb, mint eddig bármelyik. A Digivégzeteseket és a digimonjaikat a Digital Limbo-ba, azaz a „pokol tornácára” vitte. Ez egy végtelen sötét hely, a semmiségben. A digimonokat Rookie szintre alakította vissza, majd a gyerekek Crestét megsemmisítette. Ezután a Digivégzeteseket és társaikat törölte. Mivel a Digitális Világ adatokból áll, itt megtehette. A gyerekek azonban nem adták fel és rájöttek, hogy nincs szükségük a Crestre, mert amit jelképeznek bennük van. Végül sikerült, és visszaállították magukat, a digimonok ismét át tudtak alakulni. Nehezen, de együttes erővel megsemmisítették Apocalymont.